まず、dmesg あたりを覗いてみて気づいたことが 新規で買った 500GB HDD が 1.5Gbps で接続されていた件。
完全に↓のようなことを忘れていて、一生懸命ググるｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗ
おｋ。SATA2 ケーブル対応とか謳っている所もあるな。でも、値段変えちゃいけないでしょ。
なんか ICH7 と Linux が相性ヤバげとか書いているな・・・これって Kernel 再構築かね・・・

と 1 時間ぐらい悩んで( ﾟдﾟ)ﾊｯ!と気づいた。

HDD を買ったときに デフォで下のような感じになっていた。

Limit data transfer rate to 1.5Gbits per second
Limit data transfer rate to 1.5Gbits per second

大切なことなので2回言ってみました。
HDD はたまに買うものなので、いっつもジャンパを抜くことを忘れてしまう(つд⊂)ｴｰﾝ
なので、鯖の電源落として、ジャンパをぶっこ抜いて起動したら無事に 3.0Gbps で認識完了！
↓がそのときのログ。

# hdparm -I /dev/sda

/dev/sda:

ATA device, with non-removable media
Model Number: ST3500320AS
Serial Number: 5QM2SPL4
Firmware Revision: SD15
Transport: Serial
Standards:
Used: unknown (minor revision code 0×0029)
Supported: 8 7 6 5
Likely used: 8
Configuration:
Logical max current
cylinders 16383 16383
heads 16 16
sectors/track 63 63
–
CHS current addressable sectors: 16514064
LBA user addressable sectors: 268435455
LBA48 user addressable sectors: 976771055
device size with M = 1024*1024: 476938 MBytes
device size with M = 1000*1000: 500106 MBytes (500 GB)
Capabilities:
LBA, IORDY(can be disabled)
Queue depth: 32
Standby timer values: spec’d by Standard, no device specific minimum
R/W multiple sector transfer: Max = 16 Current = 16
Recommended acoustic management value: 254, current value: 0
DMA: mdma0 mdma1 mdma2 udma0 udma1 udma2 udma3 udma4 udma5 *udma6
Cycle time: min=120ns recommended=120ns
PIO: pio0 pio1 pio2 pio3 pio4
Cycle time: no flow control=120ns IORDY flow control=120ns
Commands/features:
Enabled Supported:
* SMART feature set
Security Mode feature set
* Power Management feature set
* Write cache
* Look-ahead
* Host Protected Area feature set
* WRITE_BUFFER command
* READ_BUFFER command
* DOWNLOAD_MICROCODE
SET_MAX security extension
* 48-bit Address feature set
* Device Configuration Overlay feature set
* Mandatory FLUSH_CACHE
* FLUSH_CACHE_EXT
* SMART error logging
* SMART self-test
* General Purpose Logging feature set
* 64-bit World wide name
* Write-Read-Verify feature set
* WRITE_UNCORRECTABLE_EXT command
* {READ,WRITE}_DMA_EXT_GPL commands
* SATA-I signaling speed (1.5Gb/s)
* SATA-II signaling speed (3.0Gb/s)
* Native Command Queueing (NCQ)
* Phy event counters
* Software settings preservation
* SMART Command Transport (SCT) feature set
* SCT Long Sector Access (AC1)
* SCT Error Recovery Control (AC3)
* SCT Features Control (AC4)
* SCT Data Tables (AC5)
unknown 206[12] (vendor specific)
Security:
Master password revision code = 65534
supported
not enabled
not locked
not frozen
not expired: security count
supported: enhanced erase
102min for SECURITY ERASE UNIT. 102min for ENHANCED SECURITY ERASE UNIT.
Logical Unit WWN Device Identifier: 5000c5001142f13d
NAA : 5
IEEE OUI : c50
Unique ID : 01142f13d
Checksum: correct

さて、自分のメイン PC のジャンパチェック作業に戻るんだっ！１！１１！！！